AIDS di Indonesia ditangani oleh Komisi Penanggulangan AIDS (KPA) Nasional dan Badan Koordinasi Keluarga Berencana Nasional (BKKBN) dan memiliki Strategi Penanggulangan AIDS Nasional untuk wilayah Indonesia. Ada 79 daerah prioritas di mana epidemi AIDS sedang meluas. Daerah tersebut menjangkau delapan provinsi: Papua, Papua Barat, Sumatera Utara, Jawa Timur, Jakarta, Kepulauan Riau, Jawa Barat, dan Jawa Tengah.
Program-program penanggulangan AIDS menekankan pada pencegahan melalui
perubahan perilaku dan melengkapi upaya pencegahan tersebut dengan
layanan pengobatan dan perawatan. Program PEPFAR di Indonesia bekerja
sama secara erat dengan saat ini.
Sekitar 170.000 sampai 210.000 dari 220 juta penduduk Indonesia
mengidap HIV/AIDS. Perkiraan prevalensi keseluruhan adalah 0,1% di
seluruh negeri, dengan pengecualian Provinsi Papua,
di mana angka epidemik diperkirakan mencapai 2,4%, dan cara penularan
utamanya adalah melalui hubungan seksual tanpa menggunakan pelindung.